Как определить (точно), в какой кодировке сделан файл (например, текст, программный код и так далее)?

Если автоматом и известно что это именно текст - то частотным анализом.
Программа пишется довольно элементарно.

Сам всегда открываю в far'е и тыкаю пока не найду нужную.
Проблемы бывают только с мылом после прохожденмя неправильного шлюза но и тут есть программки восстановители типо agama чтототам reader'а

Для почты с непонятной кодировкой очень хорошо помогает mail reader. У него есть механизм автоматического подбора нужной кодировки. Неплохая програмка.
Для прочтения текстов , а также перекодирования с последующей записью мне нравится Aditor - хороший простенький редактор. ( последнее время идет вместе с Windows Commaqnder- ом).

Речь идет не о почте. Есть, например, исходник скрипта. Как определить, в какой кодировке он сохранен?

По поводу перекодировки почты (для прочтения попорченных писем): очень рекомендую зайти вот сюда:

http://www.design.ru/free/decoder/ .

Просто, удобно и эффективно (за все время - примерно пол-года - не распознано только одно письмо).